Мы живем в съемной квартире, реально ли сделать регистрацию по месту жительства (договорившись с хозяйкой), и чего в этом случае может опасаться хозяйка?

Зарегистрироваться в жилом помещении как по месту жительства, так и по месту пребывания можно только с согласия собственника.

Как показывает жизнь, труднее всего договориться на этот счет именно с собственником, именно у собственников существуют предубеждения на этот счет.

Чего опасаются собственники:

1. что зарегистрировавшись по месту жительства («прописавшись») Вы сможете каким то образом получить некие права на квартиру.

   Про соотношение права на жилое помещение и регистрацию в нем можно почитать здесь.

2. что увеличатся коммунальные платежи. Да это так, многие составляющие коммунальных платежей рассчитываются исходя из количества граждан проживающих в квартире. Но ведь в большинстве случаев квартиросдатчики перекладывают расходы по коммуналке именно на своих нанимателей.
3. Что наниматель откажется сняться с регистрационного учета по окончанию действия договора найма. Действительно, для того чтобы сняться с рег.учета необходимо личное обращение гражданина в паспортный стол, в противном случае снять с регистрационного учета можно только через суд (как утратившего право проживания)и многие квартиросдатчики просто не хотят иметь потенциальную проблему в будущем. Хотя процедура снятия с рег.учета в приватизированной квартире в общем случае весьма проста и необременительна. Само исковое заявление может называться о выселении и снятии с регистрационного учета либо только о снятии с регистрационного учета, в зависимости от того проживает ли гражданин в квартире. Подача искового заявления должна сопровождаться уплатой государственной пошлины в размере 100 рублей (или чуть больше, уже не помню точно). В соответствии со ст.154 ГПК РФ гражданские дела рассматриваются и разрешаются судом до истечения двух месяцев со дня поступления заявления в суд. Достаточно мирового судьи для подобного случая.
4. Квартиросдатчики просто не хотят терять время и нервы на регистрацию, справедливо полагая , что легко смогут найти нанимателей и без предоставления регистрации. Сотрудниками поспортных столов сделано всё возможное, чтобы максимально усложнить процедуру регистрации и отбить у граждан всякое желание выполнить свою обязанность по регистрации нанимателей. В данном случае только материальная выгода может простимулировать квартиросдатчиков в этом направлении.
5. Квартиросдатчики опасаются , что сведения о сдаче их квартир в найм будут переданы в налоговую службу, а платить налоги с полученного дохода не хотят. Да это так, налоговые органы могут получать информацию о сдаваемых квартирах в том числе и в паспортных столах, во всяком случае декларируют такое намерение.
6. Квартиросдатчики полагают, что пока Вы не зарегистрированы в квартире, то проживаете там на «птичьих правах» и соответственно зависят от прихоти рантье и Вас в любой момент можно выставить за порог снимаемой квартиры. Это далеко не так. Подробнее про правовые основы найма можете прочитать здесь.

Стоит заметить, что если хозяин добровольно и бесплатно согласится на регистрацию по месту жительства («постоянную регистрацию») постороннего человека в своей квартире, то это уже будет своего рода гражданский подвиг и значительный вклад в дело преодоления последствий «советской социалистической действительности», в которой прописка, как известно, являлась основой всего жизненного уклада граждан.

Нормативно-правовые акты: Административный регламент предоставления Федеральной миграционной службой государственной услуги по регистрационному учету граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации

Жилищный кодекс Российской Федерации от 29 декабря 2004 г. N 188-ФЗ (с изменениями от 31 декабря 2005 г., 18, 29 декабря 2006 г.)

Гражданский кодекс Российской Федерации